Powodem takiego stanu rzeczy jest to, że gdy załączysz warpa, to przestaje obowiązywać fizyka międzyczęściowa. W efekcie nie funkcjonuje wykrywanie kolizji, czyli cześci, jeżeli nie stanowią jednej całości (przydokowanie) zaczną przez siebie przenikać. Jedyny warp "fizyczny" w grze, to ten, który funkcjonuje w atmosferze. Ale nie działa on zbyt dobrze, powstają jakieś nierealne naprężenia, więc przy niezbyt stabilnych konstrukcjach raczej odradzam jego używanie.
Generalnie KSP nie do końca sobie dobrze radzi w takich sytuacjach, jak wożenie czegokolwiek "luzem" w ładowni. Możesz zaryzykować i o ile jest to przemyślane, to jest spora szansa, że się uda, ale głowy bym nie dał.